Nach einer Pause von knapp einem Jahr wurde im Juni 2001 auf Basis des E46 die zweite Generation des Compact auf den Markt gebracht; erstmals öffentlich gezeigt wurde er formal auf dem Genfer Auto-Salo] 2001.
Der Dreitürer unterscheidet sich vorne durch Einzelscheinwerfer vom E46-Coupé. Hinten wurde der Überhang gekürzt sowie eine Heckklappe verwendet. Die Heckleuchten finden sich nur an den Kotflügelecken; sie bestanden zunächst, markenuntypisch und wie beim damaligen Lexus IS, aus Einzelleuchten in silbernem Gehäuse mit Klarglasabdeckung. Mit dem Facelift wurde das Heck konventioneller, es wurden rote Rückleuchteneinheiten verbaut und ein breiterer Kofferraumgriff hinzugefügt.
Als Motoren wurden die Vierzylinder-Ottomotoren 316ti (1,8 Liter, 85 kW/115 PS) und 318ti (2,0 Liter, 105 kW / 143 PS), der Sechszylinder 325ti (2,5 Liter, 141 kW / 192 PS) sowie der Vierzylinder-Turbodieselmotor 320td (2,0 Liter, 110 kW / 150 PS) angeboten. 2003 folgte das Facelift und ein leistungsschwächerer Dieselmotor, der 318td mit einer maximalen Leistung von 85 kW (115 PS). In der Motorisierungsstufe 316ti setzte BMW erstmals das variable Ventilsteuerungs-System Valvetronic ein.
Die Compact-Reihe wurde Dezember 2004 zugunsten des 1er BMW E87 eingestellt.
Der E46 Compact war weit weniger erfolgreich als der E36. Gründe hierfür waren die Frontgestaltung (Pausbackengesicht) und der nicht mehr vorhandene Gewichtsvorteil gegenüber dem Coupé. Wegen der Integrallenkerhinterachse war der Kofferraum schmaler und hatte keinen flachen Boden mehr. Die Kofferraumgestaltung mag auch ein Grund dafür gewesen sein, beim E36/5 und den Z3-Modellen, wie beim Vorgänger auf eine Schräglenkerhinterachse zu setzen, da diese weniger Platz beansprucht.