Zum Modelljahr 1999 wurde der Acura TL neu gestaltet. Auf dessen Basis wurde im März 2000 ein neuer Acura CL als 2001er Modell vorgestellt, das Modelljahr 2000 wurde ausgelassen.
Alle Modelle wurden von einem 3,2-Liter-SOHC-V6 der J-Serie mit VTEC angetrieben. In der regulären Version des CL leistete dieser 228 PS (168 kW).
Erstmals gab es auch ein Type-S Sportmodell des CL, wo der Motor 264 PS (194 kW) leistete. Des Weiteren hatte der Type-S 17-Zoll-Räder, eine straffere Aufhängung, größere Bremsen sowie straffere Sitze. Zu dieser Zeit war der CL Type-S das leistungsstärkste Fahrzeug mit Frontantrieb, das Honda je hergestellt hatte.
Ab 2002 wurde der CL Type-S mit einem 6-Gang-Schaltgetriebe mit Sperrdifferenzial angeboten. Beim CL mit Schaltgetriebe entfielen einige kleinere Ausstattungsmerkmale des Automatikgetriebes, wie z. B. die Beleuchtung in der Mittelkonsole. Außerdem verfügte die Sitzheizung nur über eine Heizstufe (im Gegensatz zu zwei Stufen bei der Automatik). ESP und TCS gab es bei Fahrzeugen mit Schaltgetriebe ebenfalls nicht, dafür wurde ein 3-Kanal-ABS verwendet. Einer der Hauptkritikpunkte am CL war, dass bei der Überarbeitung des Fahrzeugs für das Modelljahr 2001 auf ein Schaltgetriebe verzichtet worden war. Im Type-S war auch ein Navigationssystem erhältlich.
2003 erfuhr der CL ein kleines Facelift, bei dem unter anderem die Einfassung des Kühlergrills sowie die Türgriffe nun in Wagenfarbe gehalten waren, im Gegensatz zu Chrom bei den Modellen 2001 und 2002. Außerdem erhielt der CL neue Frontscheinwerfer, die ein geschwärztes Innenleben aufwiesen. Die Rückleuchten hatten nun klare Blinker und Rückfahrscheinwerfer.
2004 wurde eine neue Generation des Schwestermodells Acura TL eingeführt, infolgedessen wurde der CL aus dem Acura-Portfolio gestrichen. Einen Nachfolger gibt es bislang nicht.