Der dritte Honda CR-V (Modellcode RE5) wurde im Herbst 2006 vorgestellt und besitzt den gleichen Radstand wie sein Vorgänger.
Er verfügt über Real Time 4WD, einen sich bei geringer Traktion an der Vorderachse automatisch zuschaltenden Allradantrieb.
Die Abmessungen, speziell die Länge und Höhe wurden jedoch verringert und orientieren sich wieder mehr am ersten Modell. Weiterhin werden die beiden Motoren mit 110 kW im Benziner und 103 kW im Diesel angeboten.
Im Herbst 2009 erhielt der CR-V ein leichtes Facelift an Front und Heck, das Anfang 2010 in den Handel kam. Seitdem wird ein in Leistung und Verbrauch optimierter Dieselmotor mit 110 kW eingesetzt, der jetzt auch die Euro-5-Abgasnorm erfüllt.