Die zweite Generation der Lotus Elise Serie II kam 2000 mit überarbeiteter Karosserie und überarbeitetem Fahrwerk auf den Markt.
Sie hatte einen Rover-Motor mit 90 kW (122 PS). 2002 wurde zusätzlich ein zweites Modell der Elise, die Elise 111S, mit 156-hp-Rover-Motor auf den Markt gebracht.
Ab 2004 wurde die Variante Elise 111R mit einem 1,8-Liter-Motor von Toyota angeboten; mit seiner Direkteinspritzung leistete er 141 kW (192 PS). Rover konnte nach der Insolvenz keine Euro-3-Motoren mehr liefern. Daher wurde zum Modelljahr 2006 von Rover- auf Toyota-Motoren umgestellt.
Zum Modelljahr 2006 wurden die Versionen Elise 111 und Elise 111S mit den Rover-Motoren komplett eingestellt. Die von Toyota-Motoren angetriebene Version Elise 111R wurde unverändert weitergebaut, jedoch in Elise R umbenannt.
Das neue Basismodell war ab 2006 die Elise S mit einem 100 kW (136 PS) leistenden Toyota-Motor.
Alle Toyota-Modelle erhielten serienmäßig ein Antiblockiersystem (ABS). Dazu musste Lotus die Frontpartie der Elise minimal überarbeiten, um den nötigen Platz zu schaffen. Auch wurde das Endrohr der Auspuffanlage bei allen Toyota-Modellen nach unten verlegt.